南京海運港口碼頭有很多公司，以下是一些主要的公司：

1. 中遠海運（COSCO SHIPPING）：中國最大的綜合性航運企業(yè)之一，主要從事集裝箱、散貨、油輪等各類船舶的運輸。

2. 中海集運（COSCO SHIPPING CORPORATION OF CHINA）：中國第二大綜合性航運企業(yè)，主要從事集裝箱、散貨、油輪等各類船舶的運輸。

3. 中遠集團（COSCO GROUP）：中國最大的綜合物流和航運企業(yè)，業(yè)務(wù)涵蓋航運、物流、貿(mào)易等多個領(lǐng)域。

4. 江蘇港口集團（Jiangsu Port Group）：負(fù)責(zé)南京市及周邊地區(qū)的港口運營和管理，包括南京港、鎮(zhèn)江港、揚州港等。

5. 南京港務(wù)集團（Nanjing Port Group）：負(fù)責(zé)南京市及周邊地區(qū)的港口運營和管理，包括南京港、鎮(zhèn)江港、揚州港等。

6. 南京海事局（Nanjing Maritime Bureau）：負(fù)責(zé)南京市及周邊地區(qū)的海上交通安全監(jiān)管、船舶檢驗、船員培訓(xùn)等工作。

7. 南京海關(guān)（Nanjing Customs）：負(fù)責(zé)南京市及周邊地區(qū)的進出口貨物的通關(guān)、稅收、監(jiān)管等工作。