當境外已納稅額超過抵免限額時，需要按照以下步驟進行處理：
確認是否滿足抵免條件：需要檢查是否符合稅法規(guī)定的抵免條件，例如是否為居民企業(yè)、是否在境內設有機構場所等。
計算應納稅額：根據稅法規(guī)定，計算應納稅額。如果應納稅額超過抵免限額，則需要進行納稅調整。
繳納稅款：將超出抵免限額的部分作為應納稅額，按照規(guī)定的稅率和計稅方法計算稅款，并按照規(guī)定的時間和方式繳納稅款。
記錄和報告：在會計賬簿中記錄應納稅額的計算過程和繳納情況，并向稅務機關報告。
調整財務報表：根據稅務部門的處理結果，對財務報表進行調整，確保報表的準確性和合規(guī)性。
咨詢專業(yè)意見：如有疑問或困難，可以咨詢稅務顧問或律師，獲取專業(yè)的法律意見和指導。
需要注意的是，不同國家和地區(qū)的稅法規(guī)定可能有所不同，具體操作時應遵循當地的法律法規(guī)和政策要求。
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