拼多多退店鋪保證金1000元通常會退回到綁定的銀行卡中。

根據拼多多平臺的規(guī)定，當商家決定關閉其拼多多店鋪時，需要按照一定的流程操作。商家需要登錄自己的拼多多商家后臺，進入賬戶資金-保證金頁面，然后點擊提現按鈕。這樣，保證金金額將被提現到商家綁定的銀行卡中。