第三方支付的安全問題主要有5種：各方身份認證的信用問題、銀行業(yè)務(wù)的安全問題、安全保障技術(shù)的風(fēng)險問題、應(yīng)用系統(tǒng)的安全問題、第三方支付公司的監(jiān)管問題。

（1）各方身份認證的信用問題。

相互不了解的人在交易中的誠信問題在網(wǎng)絡(luò)交易中顯得尤為突出。

第三方支付的信用問題包含交易雙方的誠信和第三方支付系統(tǒng)的真實性問題。

（2）銀行業(yè)務(wù)的安全問題。

若利用信用卡進行套現(xiàn)，有第三方支付的“轉(zhuǎn)接”就可以輕松完成。

還有一些第三方支付工具具有資金收付功能，更可成為洗錢的工具。

另外，在網(wǎng)上支付中，第三方支付系統(tǒng)作為資金的管家，買方將款項轉(zhuǎn)到第三方支付系統(tǒng)，第三方支付系統(tǒng)須等待買方通知后才能將款項轉(zhuǎn)到賣方賬戶中，在這一等待過程中，會形成第三方支付系統(tǒng)中的資金沉淀。

（3）安全保障技術(shù)的風(fēng)險問題。

第三方支付系統(tǒng)提供的在線支付服務(wù)，若沒有起到有效的“管理”作用，那么交易就無法完成。

（4）應(yīng)用系統(tǒng)的安全問題。

關(guān)鍵數(shù)據(jù)的存儲和重要數(shù)據(jù)的傳輸過程是用戶關(guān)注的焦點。

第三方支付系統(tǒng)擁有龐大的用戶數(shù)據(jù)，如用戶密碼、個人檔案、交易記錄等，這些數(shù)據(jù)都涉及用戶的信息安全，如沒有相應(yīng)的風(fēng)險防范手段，將是極其危險的。

在設(shè)計程序時，應(yīng)預(yù)防網(wǎng)絡(luò)中斷、停電等意外情況，對程序進行精心的容錯設(shè)計，避免用戶操作、處理錯誤時系統(tǒng)崩潰，應(yīng)準(zhǔn)確、及時地給出錯誤及后續(xù)操作提示。

（5）第三方支付公司的監(jiān)管問題。

目前，國內(nèi)的第三方支付企業(yè)不是金融機構(gòu)，是有限責(zé)任公司的性質(zhì)，一旦出現(xiàn)公司破產(chǎn)等情形，將可能導(dǎo)致其他企業(yè)的資金鏈出現(xiàn)問題。

對第三方支付的監(jiān)管配套法規(guī)制度不完善，使得監(jiān)管執(zhí)法無法到位。

因此，這方面立法的滯后，給規(guī)范和管理市場、保護各方合法權(quán)益帶來了一定的困難。