經(jīng)濟周期性波動、軟硬件統(tǒng)的風險、外部技術(shù)支付風險等都會導致線上支付面臨交易風險。

首先，線上支付和傳統(tǒng)金融活動一樣，都面臨著經(jīng)濟周期性波動的風險。

同時，由于線上支付具有信息化、國際化、網(wǎng)絡化、無形化的特點，它所面臨的風險擴散更快、危害性更大，一旦金融機構(gòu)出現(xiàn)風險，很容易通過網(wǎng)絡迅速在整個金融體系中引起連鎖反應,引發(fā)全局性、系統(tǒng)性的金融風險，導致經(jīng)濟秩序混亂，甚至引發(fā)嚴重的經(jīng)濟危機，從而無法保證交易的順利進行。

其次，從整體看，線上支付的業(yè)務操作和大量的風險防控工作均由計算機軟件系統(tǒng)完成。

全球電子信息系統(tǒng)的技術(shù)和管理中的缺陷或問題成為線上支付最為重要的系統(tǒng)風險。

在與客戶的信息傳輸過程中，如果該系統(tǒng)與客戶終端的軟件互不兼容或出現(xiàn)故障，則存在傳輸中斷或速度降低的風險。

此外，系統(tǒng)停機、磁盤列陣破壞等不確定性因素也會造成系統(tǒng)風險。

根據(jù)對發(fā)達國家不同行業(yè)的調(diào)查，計算機軟件系統(tǒng)停機等因素對不同行業(yè)造成的損失各不相同，其中對金融業(yè)的影響最大。

發(fā)達國家的零售和金融業(yè)的經(jīng)營服務已在相當程度上依賴于信息系統(tǒng)的運行。

信息系統(tǒng)的平衡、可靠和安全運行成為線上支付系統(tǒng)安全的重要保障。

因此，若軟/硬件系統(tǒng)不完善，將帶來較大的交易風險。

最后是外部技術(shù)支持風險。

由于網(wǎng)絡技術(shù)的高度知識化和專業(yè)性，又出于對降低運營成本的考慮,金融機構(gòu)往往依賴于外部市場的服務支持來解決內(nèi)部的技術(shù)或管理難題，如聘請金融機構(gòu)之外的專家來支持或直接操作各種網(wǎng)上業(yè)務活動。

這種做法適應了線上支付發(fā)展的要求，但也使自身暴露在可能出現(xiàn)的操作風險之中;外部的技術(shù)支持者可能并不具備滿足金融機構(gòu)要求的能力，也可能因為自身的財務困難而終止提供服務，從而對金融機構(gòu)造成威脅。

在所有的外部技術(shù)支持風險中，最具有技術(shù)性的外部技術(shù)支持風險是線上支付信息技術(shù)的選擇失誤。

在各種網(wǎng)上業(yè)務的解決方案層出不窮、不同的信息技術(shù)公司大力推舉自己的方案、系統(tǒng)兼容性可能出現(xiàn)問題的情況下，選擇失誤將不利于系統(tǒng)與網(wǎng)絡的有效連接，還會造成巨大的技術(shù)機會損失，甚至使金融機構(gòu)蒙受巨大的商業(yè)機會損失。

總體來說，線上支付主要服務于電商，而電商由于交易制度設計的缺陷、技術(shù)路線設計的缺陷、技術(shù)安全缺陷等因素，可能出現(xiàn)交易風險。

這種交易風險是跨境電商活動及其相關(guān)線上支付獨有的風險，它可能不局限于交易或支付的各方，而且可能導致整個支付系統(tǒng)的系統(tǒng)性風險。