在處理投標(biāo)過程中遇到的稅金問題時(shí)，首先需要了解的是，根據(jù)《中華人民共和國增值稅暫行條例》和《中華人民共和國發(fā)票管理辦法》，納稅人應(yīng)當(dāng)依法開具符合規(guī)定的發(fā)票。如果納稅人未能按照規(guī)定開具發(fā)票，將面臨稅務(wù)部門的處罰。

具體到您的情況，如果您的投標(biāo)項(xiàng)目需要繳納9%的稅金，但只能開具3%的發(fā)票，這可能涉及到稅務(wù)合規(guī)性的問題。在這種情況下，您應(yīng)該采取以下步驟：

1. 確認(rèn)合同條款：您需要檢查與招標(biāo)方簽訂的合同中關(guān)于稅金支付的具體條款。合同中應(yīng)明確指出稅率、開票要求以及任何相關(guān)的稅務(wù)責(zé)任。

2. 與招標(biāo)方溝通：與招標(biāo)方進(jìn)行溝通，解釋您的情況，并詢問是否可以調(diào)整稅率或提供其他形式的稅務(wù)優(yōu)惠。同時(shí)，確保所有溝通都有書面記錄，以備后續(xù)參考。

3. 尋求專業(yè)意見：咨詢稅務(wù)顧問或律師，了解您的具體情況下的法律義務(wù)和可行的解決方案?？梢詾槟峁I(yè)的法律建議，幫助您應(yīng)對(duì)這種情況。

4. 考慮替代方案：如果無法滿足招標(biāo)方的要求，您可以考慮尋找其他供應(yīng)商或重新評(píng)估項(xiàng)目需求，看是否有可能降低稅金負(fù)擔(dān)。

5. 遵守規(guī)定：無論結(jié)果如何，都應(yīng)確保遵守相關(guān)稅法規(guī)定，避免因違反稅務(wù)法規(guī)而面臨不必要的法律風(fēng)險(xiǎn)。

以上建議僅供參考，具體情況可能因地區(qū)和具體法律而異。在處理此類問題時(shí)，務(wù)必遵循當(dāng)?shù)胤煞ㄒ?guī)和專業(yè)建議。