如果某外貿公司在繳納了100萬元的稅款后，需要了解如何妥善處理這筆款項。以下是一些建議：

一、核實和確認稅款

1. 核對繳稅憑證：確保所有繳納的稅款都有正式的收據或稅務證明，以便于日后查詢和核對。
2. 核對稅務記錄：與稅務機關聯(lián)系，確認所繳納的稅款是否準確無誤，是否有遺漏或重復繳納的情況發(fā)生。
3. 檢查稅收政策：了解當前的稅收政策和規(guī)定，確保所繳納的稅款符合法律法規(guī)的要求。

二、稅務申報和賬務處理

1. 提交稅務申報表：根據稅務機關的要求，及時提交稅務申報表，確保稅款的準確計算和申報。
2. 進行賬務處理：將繳納的稅款計入公司的財務賬目，確保賬務的準確性和完整性。
3. 準備相關文件：整理和準備相關的稅務文件和資料，如稅務證明、繳稅憑證等，以便在必要時提供給稅務機關查驗。

三、咨詢專業(yè)人士

1. 尋求專業(yè)意見：如果對稅務問題有疑問或不確定如何處理，可以咨詢稅務顧問或會計師，獲取專業(yè)的意見和建議。
2. 了解稅收優(yōu)惠政策：了解公司可能享受的稅收優(yōu)惠政策，以便合理利用這些政策減輕稅負。
3. 防范稅務風險：了解稅務風險的防范措施，確保公司的稅務合規(guī)性，避免因稅務問題引發(fā)不必要的法律糾紛。

四、監(jiān)控和審計

1. 定期監(jiān)控稅務情況：定期與稅務機關溝通，了解公司的稅務情況，確保稅款的及時繳納和正確使用。
2. 接受稅務審計：如果稅務機關要求進行稅務審計，積極配合并提供所需的相關資料和信息。
3. 配合稅務機關調查：對于稅務機關的調查或詢問，積極配合并提供必要的解釋和說明，確保問題的妥善解決。

五、維護良好的稅務關系

1. 建立良好的溝通渠道：與稅務機關保持良好的溝通和合作關系，及時反饋和解決問題。
2. 遵守稅務規(guī)定：嚴格遵守稅務規(guī)定和要求，確保公司的稅務合規(guī)性。
3. 積極參與稅收宣傳：參與稅收宣傳活動，提高公司員工的稅收意識和法律意識。

通過以上步驟，外貿公司可以確保稅款的正確繳納和處理，同時維護良好的稅務關系，為公司的長遠發(fā)展奠定堅實的基礎。