證據(jù)收集困難：專利侵權(quán)糾紛中，原告需要證明被告的行為構(gòu)成專利侵權(quán)，這需要大量的證據(jù)。在實際操作中，證據(jù)的收集可能非常困難，尤其是在涉及復雜的技術(shù)問題時。

法律適用問題：不同的國家和地區(qū)對專利侵權(quán)的法律適用可能存在差異，這可能導致在處理跨國或跨地區(qū)的專利侵權(quán)糾紛時出現(xiàn)法律適用的問題。

訴訟成本高昂：專利侵權(quán)訴訟通常涉及大量的時間、精力和金錢投入。對于小型企業(yè)或個人來說，這可能是一個難以承受的負擔。

技術(shù)鑒定困難：在某些情況下，可能需要進行技術(shù)鑒定來確定被告是否侵犯了專利權(quán)。技術(shù)鑒定可能既昂貴又復雜，而且結(jié)果的準確性也可能受到質(zhì)疑。

專利保護期限問題：專利的保護期限是有限的，如果被告的產(chǎn)品或技術(shù)在專利保護期內(nèi)已經(jīng)在市場上銷售，那么原告就難以證明被告的行為構(gòu)成了專利侵權(quán)。

專利權(quán)利界定問題：在專利侵權(quán)糾紛中，如何準確界定專利權(quán)的范圍是一個復雜的問題。這包括確定專利權(quán)的保護范圍、專利權(quán)的有效性以及專利權(quán)的限制等。

專利許可協(xié)議問題：在某些情況下，專利許可協(xié)議可能會成為專利侵權(quán)糾紛的一部分。如果許可協(xié)議存在爭議，那么解決專利侵權(quán)糾紛就需要解決這些爭議。

專利無效宣告問題：在某些情況下，專利可能被認定為無效。在這種情況下，原告可能需要證明被告的行為構(gòu)成了專利侵權(quán)，但這可能非常困難。

專利訴訟時效問題：在某些國家或地區(qū)，專利訴訟可能有特定的時效規(guī)定。如果被告在專利訴訟時效內(nèi)未提起訴訟，那么原告可能無法追究其責任。

專利訴訟程序問題：專利訴訟程序可能非常復雜和漫長。在這個過程中，原告需要與被告進行多次協(xié)商和調(diào)解，這可能導致訴訟過程拖延。此外，如果雙方達成和解，那么訴訟可能會結(jié)束，但這并不總是可行的解決方案。