cytohubba插件如何篩選活性成分
CytoHubba 是一個(gè)用于高通量篩選的開(kāi)源軟件,它可以幫助研究人員分析生物樣本中的基因表達(dá)數(shù)據(jù)。要使用 CytoHubba 篩選活性成分,可以按照以下步驟操作:
安裝 CytoHubba:確保已經(jīng)安裝了 CytoHubba 軟件。可以從官方網(wǎng)站( CytoHubba。
加載數(shù)據(jù):打開(kāi) CytoHubba 軟件,點(diǎn)擊“文件”>“打開(kāi)”,選擇包含基因表達(dá)數(shù)據(jù)的 CSV 或 TXT 文件。
創(chuàng)建網(wǎng)絡(luò)模型:在 CytoHubba 中,點(diǎn)擊“創(chuàng)建”>“網(wǎng)絡(luò)”,為每個(gè)樣本創(chuàng)建一個(gè)網(wǎng)絡(luò)。輸入樣本名稱(chēng)、基因 ID 和基因表達(dá)值。
篩選活性成分:在左側(cè)的“篩選”選項(xiàng)卡中,選擇“活性成分”。點(diǎn)擊“添加條件”,設(shè)置篩選標(biāo)準(zhǔn)。例如,可以設(shè)置篩選出表達(dá)量大于某個(gè)閾值的基因。
運(yùn)行篩選:點(diǎn)擊“運(yùn)行”按鈕,CytoHubba 將根據(jù)篩選條件對(duì)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行篩選。篩選結(jié)果將以表格形式展示在右側(cè)的“結(jié)果”面板中。
查看篩選結(jié)果:在“結(jié)果”面板中,可以查看篩選出的活性成分及其相關(guān)基因。可以根據(jù)需要對(duì)篩選結(jié)果進(jìn)行進(jìn)一步分析,如計(jì)算基因相關(guān)性、繪制網(wǎng)絡(luò)圖等。
導(dǎo)出結(jié)果:如果需要將篩選結(jié)果保存為文本文件,可以在“結(jié)果”面板中右鍵單擊“輸出”>“保存為 CSV”或“保存為 TXT”。
注意:以上步驟僅為一般性指導(dǎo),具體操作可能因 CytoHubba 版本和實(shí)驗(yàn)需求而有所不同。建議參考 CytoHubba 官方文檔以獲取更詳細(xì)的操作說(shuō)明。
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